引物（Primer）在聚合作用的起始时,可以刺激合成另一种大分子,并与反应物以共价键形式连接的序列.在核酸化学中,引物是一段短的单链RNA或dNa片段,可结合在核酸链上与之互补的区域,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链.体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等.

　　上游引物：DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5'位有个磷酸,3'位是-OH 就是：磷酸端和羟基端.DNA复制总是从5’端到3’端,因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸.所以谁先复制谁上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言.

　　DNA是双链,两个链是反向平行的,DNA聚合酶顺着其中一个链走,这个链就是负链,另一个链是反着一段一段复制的,这个是正链.

　　所以上游引物就是位于整个扩增子（就是被扩增的目的序列）的5’端的引物.同DNA负链互补,同正链序列相同.下游引物反之.

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