微生物肥料是生物制品，生产微生物肥料的原料也是农副产品和天然的物质。用于农田的微生物肥料中的菌株都是来自于自然界，并且是用科学的方法选出的，对人畜禽植物都没有致病性的微生物。微生物肥料产品中的载体大多选自无公害的农副产品，经过发酵腐熟施入土壤中会全部降解，没有任何残留。

　　微生物肥料是有利于大自然良性物质循环的可持续发展的肥料，微生物肥料具有提供或活化养分功能、产生促进作物生长活性物质能力、促进有机物料腐熟功能、改善农产品品质功能、增强作物抗逆性功能、改良和修复土壤功能6方面的功能。微生物肥料完全可以用于有机农产品种植。

　　作为微生物肥料主体的各种菌体在田间发挥作用后，特别是在作物采收后，大部分都死亡降解。这也是微生物肥料并不是一施永益，应该连年使用的原因。有机农产品种植对环境、土、肥、水，乃至风向都有一定要求。有机农产品论证部门也赞成使用微生物肥料。

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